Prendo spunto da interventi su Odontoline:

Il garante dixit!!

2. Le fatture elettroniche emesse dai soggetti che erogano prestazioni sanitarie
Come sopra evidenziato, le maggiori criticità rilevate in ordine all’obbligo di fatturazione elettronica, si riscontrano in relazione alle fatture relative a prestazioni sanitarie o emesse da esercenti la professione forense, poiché comportano il trattamento di dati sulla salute e relativi a condanne penali e reati, di regola non direttamente rilevante a fini fiscali, ma connesso alle descrizioni dellecessioni di beni e prestazioni di servizi oggetto di fatturazione.
Nella recente legge 17 dicembre 2018, n. 136, nel convertire in legge il decreto legge 23 ottobre 2018, n. 119, recante disposizioni urgenti in materia fiscale e finanziaria, è stato introdotto l’art.10-bis (Disposizioni di semplificazione in tema di fatturazione elettronica per gli operatori sanitari), il quale prevede che “per il periodo d’imposta 2019, i soggetti tenuti all’invio dei dati al Sistema tessera sanitaria, ai fini dell’elaborazione della dichiarazione dei redditi precompilata, ai sensi dell’articolo 3, commi 3 e 4, del decreto legislativo 21 novembre 2014, n. 175, e dei relativi decreti del Ministro dell’economia e delle finanze, sono esonerati dall’obbligo di fatturazione elettronica di cui all’articolo 1, comma 3, del decreto legislativo 5 agosto 2015, n. 127, con riferimento alle fatture i cui dati sono inviati al Sistema tessera sanitaria”.
Nel valutare con favore il temporaneo regime derogatorio introdotto, per il periodo di imposta 2019, in relazione alle fatture emesse dai soggetti che erogano prestazioni sanitarie, si rileva, tuttavia, che permangono rilevanti criticità, già oggetto di alcune segnalazioni pervenute a questa Autorità.
In primo luogo, tale esonero ex lege non opera nei confronti delle fatture emesse dai soggetti che erogano prestazioni sanitarie non trasmesse attraverso il sistema TS in seguito all’opposizione legittimamente manifestata dagli interessati, come previsto dall’art. 3 del decreto del Ministero dell’economia e delle finanze del 31 luglio 2015, attuativo del d.lgs. 21 novembre 2014, n. 175, e, quindi, paradossalmente, proprio per le situazioni ragionevolmente più delicate.
Inoltre, alcuni operatori sanitari hanno chiesto al Garante di chiarire se, alla luce della formulazione dell’art. 10-bis, l’eventuale emissione di una fattura elettronica attraverso lo SDI, nonostante il predetto esonero, possa essere ritenuta conforme al Regolamento.
Al riguardo, si rappresenta, in generale, che, alla luce di tale quadro normativo, l’utilizzo del sistema di fatturazione elettronica da parte del professionista non potrebbe essere ritenuto lecito, ai sensi dell’art. 6, § 1, lett. c) del Regolamento, essendo stato espressamente esonerato dall’obbligo di emissione della fattura elettronica in caso di trasmissione dei relativi dati attraverso il sistema TS.
In ogni caso, considerato che le criticità e i rischi elevati connessi al processo di fatturazione elettronica risultano amplificati, in caso di fatture emesse da soggetti che erogano prestazioni sanitarie, trovando applicazione anche le garanzie di cui all’art. 9 del Regolamento e artt. 2-sexies e 2-septies del Codice, occorre che l’Agenzia delle entrate individui, quanto prima, idonee misure appropriate e specifiche a tutela dei diritti fondamentali degli interessati nei casi in esame.
Si ritiene pertanto necessario ingiungere all’Agenzia delle entrate di dare idonee istruzioni a tali soggetti affinché in nessun caso sia emessa una fattura elettronica attraverso lo SDI concernente l’erogazione di una prestazione sanitaria, a prescindere dall’invio dei dati attraverso il sistema TS, in modo da evitare trattamenti di dati in violazione del Regolamento e del Codice da parte dell’Agenzia stessa e di tutti i soggetti a vario titolo coinvolti nel processo di fatturazione elettronica.